格尔木站依托单位为中国科学院西北生态环境资源研究院。依托单位聘任的国家野外科学观测研究站站长、副站长具体负责格尔木站的观测、研究、示范和科普等各项工作。目前，格尔木站设有站长1名，副站长2名。根据国家站、院、所野外站的管理条例，实行站长负责制，站长负责全站综合管理工作；同时设立站务委员会，当前站务委员会由站长（吴通华）、副站长（吴晓东、乔永平）、研究员（李韧、谢昌卫、胡国杰），重点讨论站定位观测、日常管理和科研工作中的任务安排。吴通华站长全面负责台站的总体运行工作，吴晓东副站长和乔永平副站长分别负责科研和监测两部分工作，乔永平副站长同时负责格尔木基地的后勤管理和观测技术支持。本站的组织架构图如下：

图6.1 格尔木站组织架构图